いちばん大きな理由は、航空会社がツアー用の座席をまとめて旅行会社に卸し、旅行会社がそれを個人にバラ売りしているからです。そのため、旅行者は航空会社からではなく、旅行会社から格安航空券を購入することになるのです。
また、ひと口に「格安」といっても、卸された航空券は、旅行会社で自由に値段を決められるので、安さの程度がまちまちなのです。

航空会社には、閑散期があります。連休やベストシーズンには旅行者の数は一気に増えますが、6月や11月にはぐんと少なくなるので、飛行機の空席も多くなります。でも、航空会社としては、オフ・シーズンであっても飛行機を運行する費用は同じ。空気を運ぶよりは人を運んだほうが得なので、通常よりも安いツアー座席を旅行会社に卸し、旅行会社がより安く個人に転売しているからです。

3つ目の理由は、ツアー用の航空券には有効期限が設けられていたり、出発時間・到着時間がぎりぎりまで決定しない、または深夜帯になるなど、航空会社側に有利（旅行者側には不利）な制約が設けられている場合があります。こういった、旅行者にとっては不利な条件があるために、安く設定されているのです。